Hollustuvernd ríkisins starfar samkvæmt lögum um hollustuhætti og heilbrigðiseftirlit. Meginhlutverk þeirra er að "tryggja landsmönnum svo heilnæm lífsskilyrði sem á hverjum tíma eru tök á að veita". Grundvallarmarkmið í starfsemi stofnunarinnar er að vernda þau lífsgæði sem felast í heilnæmum matvælum og ómenguðu umhverfi í daglegu lífi þjóðarinnar. Hún skiptist í fimm fagsvið, matvæla- og heilbrigðissvið, mengunarvarnasvið, mengunarvarnir sjávar, eiturefnasvið og rannsóknastofu. Stofnuninni er ætlað að hafa yfirumsjón með heilbrigðis-, mengunarvarna- og eiturefnaeftirliti í landinu og tengist framkvæmd nær allra laga og reglugerða er varða matvæli og mengunarvarnir.

Hollustuvernd ríkisins vinnur í nánu sambandi við heilbrigðiseftirlit sveitarfélaga en landinu er skipt í 13 eftirlitssvæði og er starfandi framkvæmdastjóri á hverju svæði. Á síðustu árum hefur hlutverk stofnunarinnar aukist, ekki síst með gildistöku EES samningsins og framkvæmd margra annarra alþjóðasamninga um varnir gegn mengun.